Struktur organisasi Pengadilan Agama Tuban disusun berdasarkan Peraturan Mahkamah Agung RI Nomor 7 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan. Struktur ini memisahkan jabatan pimpinan Kepaniteraan dan Kesekretariatan, sehingga unsur pimpinan terdiri dari empat jabatan utama: Ketua, Wakil Ketua, Panitera, dan Sekretaris.

Unsur Pimpinan

• Ketua — memimpin dan bertanggung jawab atas penyelenggaraan tugas pengadilan, baik bidang kepaniteraan maupun kesekretariatan.
• Wakil Ketua — membantu Ketua dalam pelaksanaan tugas, melaksanakan pengawasan internal, dan memimpin pengadilan apabila Ketua berhalangan.
• Panitera — memimpin pelaksanaan tugas kepaniteraan dan bertanggung jawab atas tertib administrasi perkara.
• Sekretaris — memimpin pelaksanaan tugas kesekretariatan dan bertanggung jawab atas administrasi umum, kepegawaian, dan keuangan.

Unsur Pelaksana

Pelaksana tugas pokok pengadilan dalam fungsi mengadili (menerima, memeriksa, memutus, dan menyelesaikan perkara). Unsur ini terdiri dari Majelis Hakim yang dibantu oleh Panitera Pengganti dalam setiap persidangan, serta Jurusita dan Jurusita Pengganti dalam pelaksanaan panggilan dan pemberitahuan.

Unit Kepaniteraan

Di bawah koordinasi Panitera, unit Kepaniteraan terdiri dari tiga Panitera Muda yang menangani administrasi perkara:

• Panitera Muda Gugatan — menangani perkara-perkara gugatan.
• Panitera Muda Permohonan — menangani perkara-perkara permohonan.
• Panitera Muda Hukum — menangani kearsipan perkara, pelaporan, dan upaya hukum (banding, kasasi, peninjauan kembali).

Unit Kesekretariatan

Di bawah koordinasi Sekretaris, unit Kesekretariatan terdiri dari tiga Kepala Sub Bagian:

• Kasubbag Kepegawaian, Organisasi dan Tata Laksana — mengelola kepegawaian dan organisasi.
• Kasubbag Umum dan Keuangan — mengelola administrasi umum, perlengkapan, dan keuangan.
• Kasubbag Perencanaan, TI dan Pelaporan — mengelola perencanaan, teknologi informasi, dan pelaporan kinerja.

Dasar hukum penyusunan struktur: Surat Keputusan Mahkamah Agung Republik Indonesia Nomor 004/SK/II/1992 dan Peraturan Mahkamah Agung RI Nomor 7 Tahun 2015.